1959 yılında Kahramanmaraş’ın Andırın ilçesinde doğdu. 1979 yılında Adana İmam-Hatip Lisesi’ni ikincilikle bitirdi. Afyonkarahisar’ın Dazkırı ilçesi Karaağaç kuyusu Köyü Camii İmam-Hatipliğine atandı. Aynı yıl Erzurum Yüksek İslâm Enstitüsü’nü kazandı. Erzurum Yüksek İslâm Enstitüsü'nde okurken ayrıca Taş Camii ve Narmanlı Camii medreselerinde Arapça Sarf, Nahiv, Fesahat ve Belagat, Hadis, Fıkıh dersleri aldı. Yüksek İslam Enstitüsü'nde başarı göstererek Fıkıh-Kelam Bölümüne girdi. Yüksek İslâm Enstitülerinin İlahiyat Fakültelerine dönüştürülmesi üzerine eğitim ve öğretimine Marmara Üniversitesi İlahiyat Fakültesi'nde devam etti ve 1983 yılında fakülteyi başarı ile bitirdi.
Aynı yıl Diyanet İşleri Başkanlığının açtığı Müftülük-Vaizlik sınavını kazanarak 27.05.1984 tarihinde Elazığ İl Müftü Yardımcısı olarak göreve başladı. Askerliğini kısa dönem olarak Bilecik’te yaptı. 1987-1993 yılları arasında Almanya’nın Stuttgart Bölgesi Kirchheim-Teck’de 6 yıl din görevlisi olarak çalıştı. 19.08.1993-18.08.1999 tarihleri arasında altı yıl Adana İl Müftü Yardımcılığı görevinde bulundu. 19.08.1999-08.11.2001 tarihleri arasında 2 yıldan fazla Adana İl Müftüsü Vekilliği görevini yürüttü. 09.11.2001-25.01.2008 tarihleri arası 6 yıldan fazla Malatya İl Müftülüğü görevini yaptı. 01.02.2008-31.01.2011 tarihleri arasında 3 yıl süre ile T.C. Moskova Büyükelçiliği Din Hizmetleri Müşavirliği görevini yürüttü. Yurt dışı dönüşü kısa süreli başkanlık vaizliğinde bulundu. 16.05.2011 tarihinde Kırıkkale İl Müftülüğü görevine başladı ve bu görevi 5 yıl 8 ay yürüttü. 06 Aralık 2016 tarihli üçlü kararname ile de Eskişehir İl Müftülüğüne atandı. 23.01.2017 tarihinde Eskişehir İl Müftülüğü görevine başladı.
İl Müftüsü Bekir GEREK, görev yaptığı süre içerisinde görev yaptığı yerler olan; Almanya’da, görev yaptığı şehirde külliyeli bir cami yapımına, Adana’da birinci ve ikinci derecede sorumlu olarak Cumhuriyet döneminin en önemli camilerinden Sabancı Merkez Camii'nin yapımına öncülük yaptı. Malatya’da yüzden fazla gündüzlü Kur’an Kursu ve altıdan fazla hafızlık Kur’an Kursunu hizmete açtı. Alevi-Sünni kardeşliği üzerine çok önemli bir projeyi hayata geçirdi. Kardeş Şehir projesi kapsamında Belarus Cumhuriyeti Başkenti Minsk Camiinin yapımına başlanmasında öncülük yaptı. Bu Cami Cumhurbaşkanımz Sayın Recep Tayyip ERDOĞAN’ın teşrifleri ile açıldı. Camiinin açılışında hizmetlerinden dolayı İl Müftüsü Bekir GEREK de katıldı.
Moskova Din Hizmetleri Müşavirliği döneminde Diyanet İşleri Başkanlığı ile Rusya Müftüler Konseyi Başkanlığı, Rusya Müslümanları Merkezi Dini Nezareti arasında “Dini Alanda İşbirliği Protokolleri”, yine Diyanet İşleri Başkanlığı ile Rusya Müftüler Konseyi Başkanlığı arasında “Moskova Merkez Camii'nin iç mekânlarının TDV tarafından yapımı konusunda Diyanet İşleri Başkanlığı ile Rusya Müftüler Konseyi Başkanlığı arasında protokol imzalanmasını sağladı. Moskova Merkez Caminin projesinin hazırlanmasına Başkanlık yaptı. Caminin açılışı Sayın Cumhurbaşkanımız Recep Tayyip ERDOĞAN’ın teşrifleri ile açılmıştır. Açılışına Bekir GEREK hizmetlerinden dolayı onur konuğu olarak katıldı. TDV İSAM ile Rusya İslam Kültür, Bilim ve Eğitimi Destekleme Vakfı ve Moskova İslam Üniversitesi arasında İslam Ansiklopedisi'nin özetinin 5 cilt halinde Rusçaya çevirisi, basımı ve dağıtımı konusunda protokoller'' imzalanmasını sağlandı. İslam Ansiklopedisinin Rusçaya tercüme faaliyetlerine başlanıldı. Moskova Uluslararası Teoloji Konferanslarını ve 25 Türkiye- Rusya Müftülükleri arasında Kardeş Şehir Projesini, Rusya’daki İslam Üniversitelerinin ders kitapları ihtiyaçlarını karşılamak amacıyla tercüme ve basım gibi hizmetleri hayata geçirdi. Kuzey Kafkasya Özerk Cumhuriyetleri olan Dağıstan, Çeçenistan, Kaberdey-Balkarya, Karaçay-Çerkesya, Adıgeya, İnguşatya, Kuzey Osetya, Kalmukistan ile Tataristan, Başkurdistan, Altay, Mordovya Özerk Cumhuriyetlerinde ve Rusya Federasyonu’nun diğer bölgelerinde birçok Camiinin, Kur’an Eğitim Merkezlerinin yapımına ve tamirat ve tadilatına Kardeş Şehir Projesi kapsamında katkı sağladı.
Kırıkkale İl Müftülüğü görevi döneminde Cumhuriyet döneminin en güzide eserlerinden bir diğeri olan Nur Camii ve Külliyesi inşaatı yapımının Yönetim Kurulu ve Teknik Heyet Başkanlığını yürüterek Sayın Cumhurbaşkanımız Recep Tayyip ERDOĞAN’ın onurları ile hizmete açılmasını sağladı. İl genelinde 10’dan fazla Caminin, yüzden fazla gündüzlü Kur’an Kursu, 3 tane hafızlık Kur’an Kursunu hizmete açtı. 200 kişilik Hafızlık Bölge Kur'an Kursu'nun inşaatını başlattı. Yine Kırıkkale Üniversitesi Kampusu Camii ve Külliyesi projesini başlattı. Kırıkkale İslami İlimler Fakültesinin açılmasına öncülük yaptı. ''Avrupa Birliği Ülkelerinde Dezavantajlı Gruplara Sunulan Manevi Bakım ve Psiko-Sosyal Bakım ve Uygulamaları'' konusunda hazırladığı proje ile İngiltere, Almanya, İspanya, Finlandiya, Slovakya ve Macaristan’da proje ortaklarının bu konuda eğitim almasını ve uygulamaları yerinde inceleyerek kitaplaştırılmasını sağladı. Kendisi Slovakya ve İspanya'da eğitim alarak uygulamaları yerinde inceledi. Ayrıca Gençlik ve Maneviyat başta olmak üzere gençler, çocuklar, kadınlar ve dezavantajlı gruplara yönelik birçok başlık altında projeleri hayata geçirdi.
Eskişehir İl Müftülüğü görevine başlaması ile birlikte her hafta Perşembe günleri ve Ramazan Ayı boyunca Kanal 26 TV’ de “Huzur Sohbetleri” adı altında TV programları yaptı. Her hafta Cumartesi günleri Çarşı Camiinde “Gönüllere Huzur Veren Hadis Sohbetleri” başlatarak devam ettirdi. “Eskişehir Eğitim Merkezi” inşaatının projelerini Başkanlığın yeni eğitim hizmet politikalarına uygun hale getirmek amacı ile proje tadilatı yaparak inşaatın tamamlanması konusunda ivme kazandırdı ve açılış durumuna getirdi. Muharip Hava Kuvvetleri Komutanlığı Topel Kışlasına “Kışla Camii” yapımı konusunda gerekli çalışmalar ve protokoller yaparak inşaatı başlattı. Şehir Merkezinde İl Müftülüğü hizmet binası yapımında arsa temin ederek çalışmalara başladı. İl geneli din görevlileri ile buluşmalar gerçekleştirerek görevlilerin sorumluluklarına dair moral ve motivasyonlarının artmasını sağladı. Diyanet hizmetlerine dair ihtiyaçlar tespit edilerek hayata geçirilmesi için çalışmalar ve çeşitli projelerin hayata geçirilmesi için çalışmalar başlattı. Özellikle Gençlik çalışmalarına, görevlilere yönelik hizmet içi eğitim seminerlerine, hafızlık çalışmalarına, irşat hizmetlerine, yaz ve kış Kur’an Kursu Hizmetlerine büyük önem verdi ve hizmetleri ile takdir topladı. Diyanet Öğrenci evleri açtı ve Üniversite öğrencilerine yönelik hafızlık projesini hayata geçirdi. 300 üniversite, 100 İHL öğrencisine TDV Eskişehir Şubesi üzerinden burs verilmesini sağladı.
Görev süresi boyunca Diyanet İşleri Başkanlarından, Türkiye Diyanet Vakfı Mütevelli Heyeti'nden, tüm il valilerinden teşekkür, takdir, plaket, başarı, üstün başarı gibi değişik ödüller aldı. Başarılı çalışmalarından dolayı en son 2017, 2018 ve 2019 yıllarında Eskişehir Valisi Özdemir ÇAKACAK’tan 3 Başarı, bir Üstün Başarı ve bir Maaş Ödülü aldı.
Ayrıca Din Hizmetleri Müşavirliği döneminde Rusya Federasyonu Kuzey Kafkasya Diyanet İşleri Başkanlığı ile Rusya Müftüler Konseyi (Diyanet İşleriBaşkanlığı tarafından dinî alanda Türk-Rus ilişkilerine önemli katkılarından ve Rusya Müslümanlarına vermiş olduğu önemli hizmetlerinden dolayı ayrı yarı “Madalya” ile ödüllendirildi. Rusya Federasyonundaki çeşitli Özerk Cumhuriyeti Müftülüklerinden ve İslâm Üniversitelerinden Rusya Müslümanlarına vermiş olduğu önemli hizmetlerden dolayı yine “Takdirnameler” ile ödüllendirildi.
Halen Eskişehir İl Müftüsü olarak görev yapmaktadır. Aynı zamanda Eskişehir Dini İhtisas Merkezi Kurucu Müdürlüğü görevini yürütmektedir. Bekir GEREK evli ve 4 çocuk babasıdır.
08.01.2024 tarihinde Dini İhtisas Merkezi Müdürü olarak atanan Mehmet KELEŞ'e devir işlemi yapılmıştır.